نظرًا لأن Tomato Brown Rugose Fruit Virus يصيب نباتات الطماطم والفلفل في جميع أنحاء العالم ، تعمل شركات البذور على تربية طماطم مقاومة.
كانت الموارد الجينية والجينية الغنية متاحة لمربي الطماطم حتى قبل بدء مشاريع التسلسل الجيني للطماطم. منذ فترة طويلة تم إنشاء مجموعات كبيرة من الأصول الوراثية للطماطم في عدة مواقع. يتم حفظ أكثر من 75,000 من مدخلات الطماطم في بنوك الجينات حول العالم. أحد أكبرها هو بنك الجينات التابع لوزارة الزراعة الأمريكية في جنيف ، نيويورك.
بدأ تسلسل جينوم الطماطم في عام 2005 كجهد متعدد الجنسيات بين 14 دولة واكتمل في عام 2012. وقد تم تسريع هذه الجهود بشكل كبير مع تطبيق الذكاء الاصطناعي والتعلم الآلي والخوارزميات المتقدمة لتحليل كميات كبيرة من البيانات الجينية والظاهرية.
عموم الجينوم الطماطم
أنشأ باحثون من معهد Boyce Thompson في عام 2020 جينومًا مرجعيًا عالي الجودة للطماطم البرية لإنتاج جينوم كامل ومفيد للطماطم. اكتشفوا أقسامًا من الجينوم تكمن وراء نكهة الفاكهة وحجمها ونضجها وتحمل الإجهاد ومقاومة الأمراض. يعود الفضل جزئيًا إلى تقنيات التسلسل المتطورة التي يمكنها قراءة أجزاء طويلة جدًا من الحمض النووي ، فإن الجينوم المرجعي أكثر اكتمالًا ودقة من قاعدة البيانات الحالية.
تحدد تقنيات التسلسل القديمة التي تقرأ قطعًا أقصر من الحمض النووي الطفرات على مستوى القاعدة الواحدة. ومع ذلك ، فهي ليست جيدة في العثور على المتغيرات الهيكلية مثل عمليات الإدخال أو الحذف أو الانعكاسات أو الازدواجية لقطع كبيرة من الحمض النووي.
في عام 2019 ، قامت مجموعة دولية من الباحثين ببناء جينوم شامل للطماطم باستخدام تسلسل الجينوم من 725 نوعًا تمثيليًا جغرافيًا وتطورًا. تتضمن قاعدة البيانات هذه 4,873 جينًا غير موجود في الجينوم المرجعي الأصلي. كشفت تحليلات التباين الحالية / الغائبة عن فقد جيني كبير وانتقاء سلبي مكثف للجينات والمحفزات أثناء تدجين الطماطم وتحسينها.
اقرأ المقال كاملاً على www.seedworld.com.
